La reunió fundacional d'aquesta institució es va realitzar precisament a Alcoi, encara que no havien volgut participar en anteriors conferències. En febrer de 1976 es va celebrar aquesta reunió fundacional al Casal de Sant Jordi d'Alcoi, presidida per Enrique Luis Sanus Abad com a president de l'Associació de Sant Jordi. Van assistir les 25 poblacions fundadores: Agullent, Alcoi, Alacant pel Barri de Sant Blas, Aielo de Malferit, Banyeres, Bocairent, Callosa d'en Sarrià, Caudete, Cocentaina, Crevillent, Elda, Fontanars, Font de la Figuera, Ibi, Xixona, Alcoi, Novelda, l'Olleria, Onil, Ontinyent, Petrer, Sax i Villena. En aquesta reunió, es va aprovar el projecte d'Estatut, l'autèntic artífex del qual va ser el jurista alcoyà i xano José Luis Mansanet, i es van nomenar els càrrecs que formaven la Junta Directiva.
L'Associació de Sant Jordi va pretendre que la seu de la UNDEF fora a Alcoi i el més proper possible a ella. Per aconseguir-ho, van comprar una casa just al costat del Casal de Sant Jordi i la van oferir a la UNDEF com a seu, convocant una Assemblea a Alcoi. Se la van ensenyar als representants dels pobles i, per a la seua sorpresa i indignació, no es va aprovar que la seu s'establís a Alcoi, quedant-se per tant a Villena com s'havia decidit a la reunió d'Ibi de 1975.
Els problemes entre l'Associació de Sant Jordi i la Undef es van agreujar en 1981, al preparar-se els actes del Centenari de la Música Festera. Hi havia un projecte d'Albaida, i altre d'Alcoi, al ser "Mahomet" un pasdoble de l'alcoyà Joan Cantó. Octavio Rico Jover, vicepresident de l'Associació de Sant Jordi, afirmava que a Alcoi s'estava treballant sobre el tema i oferien aquesta ciutat com a marc. Alcoi va enfonsar l'avantprojecte d'Albaida per a apropiar-se de la celebració dels 100 anys de la música festera. En la sessió de la Junta Directiva, celebrada a Alacant en març de 1980, es van abordar diversos punts com el mandat de l'Assemblea sobre el Centenari. Es va divagar sobre el tema i més avant es va voler fer una votació sobre la desfilada commemorativa. Alcoi apostava per un acte sols amb bandes de música, mentre que la resta de poblacions volien que fora una desfilada amb esquadres i festers de totes les poblacions. Alcoi es va quedar sol a la votació defenent l'exclusivitat dels músics i va haver encara més tensió. L'homenatge als músics es va realitzar amb una desfilada festera molt vistosa a Alacant.
El conflicte no parava i Alcoi també volia que els actes als compositors fora a Alcoi, com a ciutat natal de Joan Cantó o Amando Blanquer. Va haver polèmica i debat en premsa, mentre que José Luis Masanet de la filà Xanos va fer de mediador amb cordura. La celebració del Centenari va començar brillantment a Villena amb la Setmana d'Obertura del 23 al 30 de maig del 1981, i va continuar en altres poblacions de la UNDEF segons un torn rotatori. Es va produir un succés inesperat: l'eixida d'Alcoi com a població de la federació. La desfilada homenatge a les bandes de juny de 1982 va ser interpretada com una amenaça que podria posar en perill la primacia de les Festes d'Alcoi i, per evitar-ho, l'Associació de Sant Jordi va intentar llevar-li brillantor i no participar. El següent Congrès de la Undef es va fer a Ontinyent en 1985, ja sense la involucració d'Alcoi. Excepte alguns directius que seguien recolzant la federació: Els alcoyans José Luis Mansanet Ribes com a Secretari General, Salvador Domènech Llorens com a Vocal Cultural, Francisco Vañó Silvestre com a Vocal Religiós i Luis Sánchez Sánchez com a Vocal d'Informació. El congrés d'Ontinyent va finalitzar en agost amb una brillant Desfilada de Germandat en la què van participar totes les poblacions integrades a la UNDEF. Va ser presidida per la Infanta Cristina de Borbón, present a les ponències d'Ontinyent com a filla del rei Juan Carlos.
En 1992, José Luis Mansanet va deixar de ser secretari general per motius d'edat, després de 16 anys de mandat. El va succeir Luis Sánchez Sánchez, pertanyent a la mateixa filà que José Luis Mansanet, la filà Xanos d'Alcoi. Com a president, va ser elegit l'ibense Francisco Santonja Gisbert, que havia estat president de l'associació festera d'Ibi.
Les Ambaixades de les Festes de Moros i Cristians serien les protagonistes dels Congresos de 1994. Aquesta celebració es va obrir brillantment amb la I Trobada d'Ambaixadors de les Festes de Moros i Cristians, organitzada per l'Associació Santa Marta i celebrada a la Vila Joiosa en novembre de 1993. Durant l'any següent es van celebrar nombroses activitats relacionades amb les Ambaixades, com les representacions d'ambaixades d'algunes poblacions en altres de la mateixa comarca. Va servir per a donar-les a conèixer en altres ambients. El colofó de les celebracions d'Ambaixades 1994 va ser el I Simposium sobre Ambaixades celebrat a Villena.
En 1996, es va celebrar a Caravaca de la Cruz el I Simposium sobre la religió a la festa, organitzat en col·laboració amb la Cofradia de la Santa i Vera Cruz, sent el ponent el Bisbe Juan Antonio Reig, un contestà poc estimat entre la comunitat hui en dia per les seues desagradables declaracions. Als següents anys va haver més actes catòlics a Oriola, basats en el fervor de les festes patronals. El segle XX va consolidar "Expofesta" com una fira turística on les poblacions i empreses artesanes mostraven les peculiaritats de les seues Festes de Moros i Cristians.
Les ponències de José Fernando Domene Verdú "Història i identitat a l'origen de les Festes de Moros i Cristians" i de Juan José Capel Sánchez, "Les Festes de Moros i Cristians i les seves relacions amb les formes de poder polític, religiós i social" van tindre un desafortunat incident i els representants de la UNDEF van abandonar la sala. Es van celebrar 2 edicions més de les Jornades d'Antropologia de les Festes durant les sessions de l'Expofesta de 2000 i 2001. Paral·lelament, es van fer gestions per trobar una nova seu de la UNDEF, i finalment es va aprovar establir-la a Beneixama, a l'antic col·legi, que va ser oferit gratuïtament per l'alcalde. A Beneixama es van aprovar els nous estatuts de la Undef.
A l'Assemblea General celebrada a Monforte del Cid en març del 2000, es va presentar l'acord de la UNDEF amb la Subdelegació del Govern d'Alacant referent a la problemàtica existent sobre l'ús dels arcabussos i de la pólvora. A la mateixa Assemblea, es va aprovar la celebració del III Congrés de la Festa de Moros i Cristians a Múrcia en maig de 2002. Les traves amb la pólvora per a l'Alardo es van convertir en un dels grans reptes que ha afrontat la Undef al llarg de les últimes dècades. Una complicada situació que ha afectat a tots els municipis en general, però que Alcoi ha sabut gestionar més eficaçment a pesar de no estar en la Undef. Moltes poblacions, entre elles Muro o Cocentaina, s'han quedat amb filaes sense disparar per contratemps d'última hora amb els trabucs.
El Castell de Santa Bàrbara d'Alacant va viure en 2003 varies representacions d'Ambaixades festeres, com a part del II Congrès d'Ambaixades de la Undef. En aquesta trobada es va presentar el llibre "Els textos de les Ambaixades de les Festes de Moros i Cristians", editada per la Diputació d'Alacant. Va haver col·laboracions amb la Universitat d'Alacant i amb gran pes i involucració per part de Biar.
Francisco López es va proclamar en 2004 nou president de la Undef, donant-li molta importància a la pàgina web i la revista mensual "Infofesta" que recollia els actes més recents de les poblacions festeres, sobretot de les Entrades. La primera mesura que va prendre la Junta va ser repartir entre les poblacions el 8% de les quotes de la SGAE que corresponia a la UNDEF. El conveni amb la SGAE va ser impossible de modificar, a causa de l'actitud poc dialogant i prepotent d'aquesta entitat. El problema de l'arcabusseria estava en vies de solució, amb la implantació dels passadors al canó dels arcabussos per impedir que dispararen munició. Així no eren considerats legalment com a armes d'avancàrrega. El problema del repartiment de pólvora depèn de l'actitud del comandant de lloc de la Guàrdia Civil de cada poble.
L'any 2007, la UNDEF va començar a participar també a FITUR, la fira del turisme de Madrid, en col·laboració amb el Patronat Costa Blanca de la Diputació Provincial d'Alacant, amb un rotund èxit a les edicions que es porten celebrades. Amb motiu de FITUR, s'ha organitzat cada any una desfilada de moros i cristians pel carrer Preciados, al centre de Madrid. Alcoi ha anat a Fitur de forma independent.
El Simposi de Patges, Rodelles i Volants a Abanilla va tindre gran èxit de participació. Es van involucrar les poblacions que tenen aquest càrrec fester infantil: Abanilla, Castalla, Caudete, Petrer, Sax i Yecla. Es va realitzar una desfilada de Pajes, Rodelles i Volants, acompanyats dels arcabussers, pels principals carrers d'Abanilla.
Pel 125 aniversari de la música festera va haver una taula redona sobre la influència del pasdoble "Mahomet" en les Festes de Moros i Cristians. Va haver conferències del compositor alcoyà José Maria Valls i una desfilada històrica. El 125 aniversari de "Mahomet" va concloure amb un concert de música festera en què es van interpretar les obres més significatives de la història de la música festera, a la primera part, i una obra de cadascun dels participants a la conferència de la Undef. L'Associació de Sant Jordi no va cooperar, a pesar de que Joan Cantó era el creador de la música festera alcoyana.
Al segon mandat de Francisco López va haver més discussions. L'any 2011, la Junta Central de Festes de Villena va decidir en assemblea general extraordinària abandonar la UNDEF. No va ser l'única entitat, perquè com a conseqüència d'algunes discrepàncies sorgides durant el I Simposi Internacional d'Ambaixadors, la Societat de Festers d'Ontinyent també va decidir abandonar la UNDEF. Francisco López es va tornar a presentar a les eleccions a l'Assemblea celebrada a Llutxent l'any 2012 i va tornar a resultar guanyador com a president de l'entitat. El més important i immediat que va realitzar en aquest nou mandat va ser la redacció d'uns nous estatuts, i com Elda s'oposava també se'n va eixir de la federació. Però altres poblacions menys importants s'anaven sumant a la Undef fins arribar a les 70. Es va avançar en la fabricació i homologació d'un nou trabuc específic per a les salves, que ja no és considerat arma d'avancarga. Per tant no necessita permís d'armes per utilitzar-lo, com també l'homologació d'una cartutxera nova per a la pólvora.
La celebració del IV Congrés Nacional i I Internacional sobre Festes de Moros i Cristians a la Universitat d'Alacant es va fer en maig de l'any 2016. Va ser coordinat per Gabino Ponce Herrero i es van presentar 8 ponències i un gran nombre de comunicacions, amb un debat més enfocat en la internacionalitat de les tradicions.
Al 2016 va ser elegida com a presidenta Pepa Prats Montava. Ja havia sigut la primera presidenta de la Junta de Festes de Cocentaina, i també la primera dona que arribava a la presidència de la UNDEF. Entre els seus projectes més importants estava la solució als problemes originats per la nova llei d'armes d'avantcàrrega i el retorn a la UNDEF de les poblacions que la van abandonar els anys anteriors. La participació en fires va ser una prioritat de la contestana Pepa Prats, molt vinculada al turisme i els instruments musicals. Les negociacions amb la SGAE pels drets d'autor de la música festera van quedar paralitzades per un problema major: La pandèmia de Covid-19 i la suspensió de totes les tradicions als anys 2020 i 2021. Va haver problemes amb els artesans i empreses relacionades amb les Entrades. La UNDEF va actuar com a interlocutora amb les administracions sanitàries i va promoure iniciatives per mantenir viva l'activitat festera, com la campanya audiovisual "Sentiment". Amb la reelecció de Pepa Prats com a presidenta per 101 vots favorables, es va afrontar el retorn de les Festes patronals en 2022. Es va apostar per que no hi haguera restriccions de participants ni mascaretes i es va defensar els interessos dels artesans que havien estat anys sense treball.
Actualment es busca donar-li un impuls a projectes d'inclusió i accessibilitat dins del món fester, i major pes de la dona en els òrgans de representació i administració. La coordinació entre pobles es va reforçar en 2025 de cara a la celebració del Cinqüentenari de la Undef. La culminació de l'efemèride és la desfilada de moltes esquadres pel Passeig de Cocentaina. La localitat amfitriona va acollir una preciosa i variada Entrada de Moros i Cristians pel 50 aniversari de la Undef. Mig segle desprès la UNDEF continua implicada i lluitant pels interessos de les Festes de Moros i Cristians valencianes.
